A Universidade Federal do Rio Grande (FURG) iniciou suas atividades no município de Santo Antônio da Patrulha, localizado no Litoral Norte do Estado do Rio Grande do Sul e integrante da Região Metropolitana de Porto Alegre, em 2004 com o oferecimento do curso de Pedagogia na modalidade de "Ensino à Distância", através da Universidade Aberta do Brasil, junto ao Polo Universitário Santo Antônio.

Em março de 2009, graças a uma parceria entre os Governos Federal e Estadual e à Administração Municipal, a FURG criou o Campus FURG-SAP, nas instalações da antiga escola municipal Barão do Cay, onde foram oferecidos dois cursos de graduação presenciais e inéditos no país: Engenharia Agroindustrial Indústrias Alimentícias (50 vagas) e Engenharia Agroindustrial Agroquímica (50 vagas).

Ambos os cursos estão vinculados à Escola de Química e Alimentos (EQA/FURG) e desde aquela época, buscam atender a uma demanda da comunidade patrulhense, bem como de quarenta municípios, que apoiaram a vinda de uma instituição de ensino  federal para a região.

O complexo acadêmico da Rua Barão do Cay passou então a denominar-se Campus FURG-SAP "Unidade Cidade Alta".

Um ano depois, a Prefeitura Municipal de Santo Antônio da Patrulha procedeu a doação de uma área de 30 hectares à FURG, para a construção de um amplo campus universitário na cidade.

Com a construção do Centro Tecnológico a partir do projeto da EQA/FURG, este local passou a ser denominado Campus FURG-SAP "Unidade Bom Princípio", devido à sua localização em bairro do mesmo nome, a exemplo da Unidade Cidade Alta.

A primeira aula na Unidade Bom Princípio ocorreu no dia 10 de abril de 2015. Atualmente, no local estão em construção um pavilhão com dezesseis salas de aula, uma casa de estudante com capacidade para sessenta alunos, um prédio administrativo e um prédio para ponto de convívio dos alunos.

Simultaneamente, o complexo acadêmico da rua Barão do Cay n. 125, passou a denominar-se Campus FURG-SAP "Unidade Cidade Alta", sofrendo uma série de reformas, entre elas a melhoria das salas de aula e salas de permanência dos professores e técnicos, ampliação do estacionamento, construção de divisórias nos laboratórios e secretaria,  ampliação da biblioteca, troca de todo o telhado da edificação, além da construção de um prédio anexo de dois pavimentos com diversos laboratórios, mais duas salas de aulas e uma edificação destinada a servir como cantina.

Em 2014, seguindo o planejamento estratégico para o novo campus fora da sede e atendendo a sua vocação para a área da tecnologia, foram oferecidas mais sessenta vagas na graduação, desta vez para o Curso de Licenciatura em Ciências Exatas (Física, Matemática ou Química), vinculado ao Instituto de Matemática, Estatística e Física (IMEF/FURG).

Em setembro de 2014, a Resolução n. 23/2014 do Conselho Universitário dispôs sobre a implantação de uma estrutura administrativa temporária de campus fora da sede. A partir da referida resolução, aconteceu a eleição do primeiro diretor do Campus FURG-SAP, num processo de escolha envolvendo a participação dos estudantes regularmente matriculados nos cursos oferecidos no campus e de todos os docentes e técnicos administrativos.

Em 2016, foi aprovado o oferecimento do primeiro curso de pós-graduação no Campus FURG-SAP, denominado "Qualidade e Segurança de Alimentos", vinculado à EQA/FURG, com 25 vagas disponíveis para ingresso no primeiro semestre letivo de 2017.

No mesmo ano, foi também aprovado o "mestrado profissional em Ciências Exatas" com início previsto também para 2017 e lotado no IMEF/FURG.

Já no corrente ano, estão em tratativas a criação de um curso de especialização em gestão agroindustrial cuja primeira turma está prevista para o segundo semestre de 2017.

Atualmente, a FURG trabalha também em projetos, visando a expansão da oferta de novos cursos de graduação no Campus FURG-SAP.